当时陈氏被控为“危害民国罪”，按规定应由江苏高等法院审理。但高等法院设在苏州，如果将陈氏押往苏州，恐怕会出问题，于是由苏州高等法院派庭长胡善称到南京组织法庭审判陈等。苏州高等法院检察处也派检察官朱到南京为公诉人。
当公审陈氏的时候，到法院旁听的人山人海，不仅南京万人空巷，还有从上海、苏州、杭州、镇江等地乘车、坐船赶来的人。法院旁听席拥挤不堪，法庭外也挤满了人。其中以学生最多。
审判开始，书记官宣布审理陈独秀等“危害民国”一案。审判长胡善称命令带陈氏到庭。陈的辩护人章士钊律师到辩护人席就座。审判长讯问陈独秀姓名、年龄、籍贯、职业、有无前科后，便请公诉人提出公诉。公诉人检察官朱宣读起诉书，认定陈氏犯“危害民国”罪，依《危害民国紧急治罪法》提出公诉。
审判长问陈为什么要推翻国民政府
第一，国民党政府“对日本侵占东三省，采取不抵抗主义，甚至驯羊般跪倒日本之前媚颜投降，宁至全国沦亡，亦不容人有异词，家有异说。‘宁赠友邦，不与家奴’，竟成国民党之金科玉律。儿皇帝将重见于今日。”这样的政府，难道不应该推翻
第二，“国民党吸尽人民脂膏以养兵，挟全国军队以搜刮人民，屠杀异已。大小无冠之王到处擅作威福，法律只以制裁小民，文武高官俱在认亲议贵之列。其对共产党人杀之囚之，犹以为未足，更师袁世凯之故智，使之自首告密。此不足消灭真正共产党人，只以破灭廉耻导国人耳。周幽王有监谤之诬，汉武帝有腹诽之罚，彼时固无所谓民主共和也。千年以后之中国，竟重兴此制，不啻证明日本人斥中国非现代国家之非诬。路易十四曾发出狂言‘朕即国家’，而今执此信条者实大有人在。国民党以刀刺刀削去人民权利，以监狱堵塞人民喉舌。”这样的政府难道不应当推翻
第三，“连年混战，杀人盈野，饿殍载道，赤地千里。老弱转于沟壑，少壮铤而走险，死于水旱天灾者千万，死于暴政人祸者万千。工农劳苦大众不如牛马，爱国有志之士尽入囹圄。”这样的政府，难道不应该推翻
“国家将亡，民不聊生，予不忍眼见中国人民辗转呼号于帝国主义与国民党两重枪尖之下，而不为之挺身奋斗也。”
陈氏这番话，博得大众的称赞，觉得他说出了大家心里想说而不敢说的话。旁听席上，有的点头，有的微笑，有的对身旁的人小声私语：“对，言之有理。”
接着审判长又问：“你不知道，你要推翻国民政府是犯危害民国罪吗
陈氏回答：“国者何
陈氏的话还没有说完，旁听席上已发出了笑声。笑声越来越大，以致审判长胡善称不得不站起来制止。他对陈独秀说：“你只能就你的罪行辩护，不得有鼓动的言词。”陈独秀回答说：“刚才我的话难道不是正对着你们的起诉书所强加给我的罪名进行辩护么
陈氏继续说：“余固无罪，罪在拥护工农大众利益，开罪于国民党而已。予未危害民国。危害民国者，当朝衮衮诸公也。冤狱世代有之，但岂能服天下后世，予身许工农，死不足惜，惟于法理之外，强加予罪，则予一分钟呼吸未停，亦必高声抗议也。法院欲思对内对外保持司法独立之精神，应即宣判予之无罪，并责令政府赔偿予在押期间物质上精神上之损失。”
陈氏说完，章士钊从辩护人席上起立，为陈独秀辩护。他说：“本律师曩在英伦，曾问道于当代法学家戴塞，据谓国家与政府并非一物。国家者土地、人民、主权之总称也；政府者政党执行政令之组合也。定义既殊，权责有分。是故危害国家土地、主权、人民者叛国罪也；而反对政府者，政见有异也，若视为叛国则大谬矣。今诚执途人而问之，反对政府是否有罪，其人必曰若非疯狂即为白痴，以其违反民主之原则也。英伦为君主立宪之国家，国王允许有王之反对党，我国为民主共和国，奈何不能容忍任何政党存在耶
陈独秀见章士钊的辩护词中有“现政府致力于讨共，而独秀已与中共分扬，予意已在犄角之势，乃欢迎之不暇，焉用治罪为”的话，与自己的政治主张不合，且有摇尾乞怜，卖身投靠之嫌。当章氏发言毕，他立即声明：“章律师的辩护词，只代表他的意见。我的政治主张，要以我的辩护词为准。”
陈独秀和章士钊的辩护状，国民党以“不得为共党张目”为理由，禁止各报登载。
章士钊回到上海后，将检察官的起诉书、陈独秀的辩护状、自己代陈独秀辩护的辩护书，汇集成册，定名为《陈案书状汇录》，交给与陈氏有密切关系的上海亚东图书馆印了一百多册，分送有关人士。笔者父亲雷彬章当时任上海法院检察官，也得到了一册。因此笔者能窥得陈章二氏文章，的全豹。
陈案辩论终结后，高等法院判处陈独秀有期徒刑
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